中国林业微生物菌种保藏管理中心（China Forestry Culture Collection Center 英文缩写CFCC，简称林业微生物中心），1985年经中国微生物菌种保藏管理委员会常委会审议和国家科委批准，根据林业部林发［科］（1985）44号批文通知，正式成立了“林业微生物菌种保藏中心”，现挂靠中国林业科学研究院森林生态环境与自然保护研究所，成为中国微生物菌种保藏管理委员会下设的农业、工业、医学、兽医、药用及普通等7个国家级专业菌种保藏管理中心之一。

至2017年底，中心保藏有林业微生物菌株18000余株，包括苏云金杆菌模式菌株等细菌、食用菌等大型真菌、林木病原菌、菌根菌、病虫生防菌、木腐菌、病毒和植原体类等，分属于803个属2800余种（亚种或变种）。

目前中国林业微生物菌种保藏中心在职人员5人，兼职人员7人，特聘专家4人，技术人员3人，中心设有菌种分离培养室，分子鉴定室，真菌和线虫实验室和分子生物学实验室及数据管理室。实验室和主要仪器设备： 冷冻干燥设备，超低温冰箱，Biolog微生物鉴定系统，液氮保藏设备，分子鉴定设备，常规分子生物学设备。

自中心成立以来，负责全国林业微生物菌种资源的收集、保藏、管理、供应和交流，经林业系统多个单位微生物工作者的共同努力，初步摸清了我国当时分散保藏于各单位的各类微生物菌种的种类、数量及研究和开发利用状况。

1992年10月中心在北京参加了由世界微生物菌种保藏联合会和中国微生物菌种保藏管理委员会共同组织的第七届国际微生物菌种保藏大会；2004年中心参加了在日本筑波召开的第十届世界微生物资源大会。2017年出版《中国林业菌种目录》（2016年版）；2018年初中心通过了ISO 9001:2015 质量管理体系认证和GB/T 28001-2011 职业健康安全管理体系认证。 为了不断扩大林业微生物资源的收集保藏范围，提高资源的管理、保护和利用水平，并使之与我国丰富的林业微生物资源相适应，欢迎全国各地专家同行与我中心洽谈合作。